La collezione archeologica presenta importanti reperti medievali, tra i quali spicca da un punto di vista storico-artistico il sarcofago del Viceré Speciale, in marmo bianco microcristallino leggermente venato, rinvenuto nel 1901. Esso presenta dei bassorilievi raffiguranti la Madonna col bambino e un’altra figura maschile che potrebbe essere San Francesco. La fortuna della famiglia Speciale deve la sua origine a Niccolò Speciale: fu Viceré di Sicilia dal 1423 al 1432 e creò forti legami con Bianca di Navarra, regina regnante di Navarra e regina consorte di Sicilia e i suoi fideles, diventando uno dei maggiori personaggi storici della Sicilia di metà Quattrocento.

La collezione contempla inoltre il crocifisso del Cristo spirante in pietra incarnata, alabastro bianco e rosa del XVII sec. Quest’opera, rinvenuta da un contadino negli anni ’80, è uno dei pochi esemplari sopravvissuti di una produzione piuttosto fitta del ‘600 tipica del trapanese, poiché la pietra di tipo gessoso veniva estratta alle falde del monte Erice. Solo il più piccolo crocifisso conservato nel Palazzo Vescovile di Trapani può competere per bellezza. L’unicità del Cristo Spirante di Noto è data dalle parole che pronuncia Cristo prima di spirare, evidenziandone la natura umana: “Deus Meus, Deus meus, ut quid delerequisti me?”.

Altre opere di rilievo della collezione sono “il Panorama” e “La pianta in prospetto della città di Noto antica”, realizzate da Sgroi con china ed acquerello su carta nel 1887, quest’ultima realizzata con notevole precisione in scala 1:400. Entrambe presentano lo stemma dell’aquila imperiale di Federico II, riconfermata successivamente da Ferdinando il Cattolico la cui vittoria sui mori è testimoniata dalla croce bianca in campo rosso. La presenza dello stemma potrebbe significare che queste opere siano dei rifacimenti delle carte del ‘700 realizzate da Antonio Maria Tedeschi (conservate alla Biblioteca comunale di Noto), basate a loro volta sulle immagini del ‘600 di Francesco Antonio Cantone. Dello stesso periodo il Museo possiede la “pianta della città di Noto destrutta” dell’ing. Giuseppe Fornati (1699) che rivela le mura fortificate e risulta essere di sorprendente precisione tecnica.